In caso di obbligatorietà del procedimento, è necessario depositare la domanda di mediazione presso l’organismo di mediazione ubicato nel luogo del giudice territorialmente competente. Quando la mediazione è volontaria, le parti possono scegliere liberamente la sede della conciliazione, per esempio: due parti che vivano l'una a Torino e l'altra a Palermo vorranno probabilmente individuare una sede che si collochi circa a metà strada e quindi potranno avviare la conciliazione presso la Camera di Commercio di Roma.
Sussistono tuttavia delle deroghe a questo principio generale: una di queste è l' ipotesi di conciliazione in materia di subfornitura industriale per la quale l' art. 10 della legge 192/1998 ha sancito che il tentativo sia esperito presso la Camera di Commercio nel cui territorio ha sede il subfornitore.
Altra eccezione riguarda la materia del franchising ( L. 129/2004): l'eventuale tentativo di conciliazione deve essere esperito presso la Camera di Commercio nel cui territorio ha sede l'affiliato.